Projet Analyse de la diversité des parasites trématodes dans les eaux douces des zones tropicales le long d’un gradient d’anthropisation (DiTTrop)

Domaine scientifique : biodiversité, santé, environnement et sécurité alimentaire
Durée du Projet : 8 mois (du 01 janvier 2024 au 31 août 2024)
Partenaires impliqués dans le projet :

• Établissement porteur du Project (coordinateur) : Institut de Recherche de la Biodiversité et des Écosystèmes – Académie Bulgare des Sciences (IRBÉ-ABS)
  • Responsable scientifique : Dr Simona Georgieva
• Établissement partenaire : Institut de Recherche pour le Développement (IRD Occitanie)
  • Responsable scientifique :
    • Dr Claudia Bommarito (responsable scientifique)
  • Partenaires scientifiques :
    • Rodolphe Gozlan (partenaire scientifique)
    • Dr Marine Combe (partenaire scientifique)
    • Chloé Lefebvre (partenaire technicienne)

La motivation :
Bien que les parasites soient omniprésents, abondants et fonctionnellement important dans l’environnement, ils sont encore trop souvent négligés dans les études sur la biodiversité. Pourtant, ils représentent une forte menace biologique pour la santé humaine, la santé des animaux domestique et de la faune sauvage. Parmi les changements globaux, le changement climatique, la transformation des habitats et les invasions biologiques représentent des menaces pour la biodiversité, ce qui peut conduire les écosystèmes à un point de basculement. Compte tenu de l’intérêt croissant porté au rôle des parasites dans le fonctionnement des écosystèmes mais aussi pour la santé humaine et du fait que la plupart des écosystèmes soient impactés par les activités humaines, il est crucial de mieux comprendre l’association entre parasitisme et perturbations environnementales. Identifier, comprendre, prévoir et atténuer les impacts écologiques des changements globaux sont des défis majeurs de notre époque et sont nécessaires pour la santé mondiale, la préservation des services écosystémiques, ainsi que la conservation des espèces menacées et le contrôle des ravageurs et des parasites responsables de maladies.

L’impact de recherches :
C’est dans ce contexte que s’inscrit ce projet de recherche DiTTrop qui vise à étudier la diversité des espèces de trématodes larvaires chez les hôtes primaires, les escargots d’eau douce, et en zone tropicale, notamment au Cambodge, le long d’un gradient d’anthropisation allant de milieux naturels, déforestés, agricoles, péri-urbains et urbains. L’effet saisonnier sur ces habitats et donc sur la diversité des espèces de trématodes sera aussi analysé (saison des pluies vs saison sèche).

DiTTrop s’appuie notamment sur des projets de recherche internationaux actuels et au sein desquels les partenaires IRD sont activement impliqués ; BCOMING (H2020 EU) et AfriCam (AFD) inscrits dans l’initiative « Prévention de l’Émergence de Maladies Zoonotiques » (PREZODE).

Les résultats du projet nous permettront par exemple d’identifier des habitats plus ou moins propices à une forte diversité des espèces de trématodes et d’identifier des facteurs environnementaux et anthropiques jouant un rôle sur cette diversité.

L’ambition :
En appliquant une approche intégrative, il est prévu d’obtenir des données sur la biodiversité, l’abondance et la structure des communautés larvaires de trématodes dans les écosystèmes tropicaux d’eau douce le long d’un gradient d’anthropisation qui peux servir de référence pour des futures études comparatives.

Au travers de ce projet, nous avons pour ambition de mieux comprendre : (i) les relations hôte-parasites dans les écosystèmes tropicaux d’eau douce soumis à différentes pressions anthropiques et sous différentes saisons (effet des variations climatique); (ii) comment la perte de biodiversité est liée à la propagation de différentes espèces de trématodes, y compris ceux ayant un caractère/potentiel zoonotique ; (iii) l’importance du parasitisme en tant que composante de systèmes écologiques complexes. Aussi, la génération et le dépôt de séquences génétiques de référence devraient bénéficier à la recherche scientifique fondamentale et appliquée dans le domaine de la parasitologie et des maladies parasitaires aux niveaux régional et international.

Rôle de l’AUF dans cette action est multifacette :

• Faciliter une nouvelle collaboration entre des équipes de recherche de la région ECO et de la France
• Soutenir la recherche internationale et multidisciplinaire (Écologie, Parasitologie, Microbiologie, Santé)
• Encourager la mobilité entre des instituts partenaires et diffusion des résultats au corps scientifique
• Favoriser l’apprentissage, provoquer la conversation, intensifier les collaborations futures et promouvoir les discussions sur d’autres projets et publications communes

Les difficultés :
Les difficultés les plus marquantes sont peut-être liées d’obtenir un nombre suffisant d’escargots infectés en provenance du Cambodge pour disposer d’une diversité d’espèces de parasites à analyser.

Notre satisfaction :
AUF nous offre une opportunité unique d’élargir et de renforcer la collaboration entre les pays francophones actuels et anciens.

Des indicateurs sur le déroulement du projet :

• Combien d’activités ont été prévues/organisées dans le cadre du projet de recherche ? (compter le nombre total cumulé depuis le début du projet)

Un total de six activités ont été prévues pour le projet:

activité 01 -Réunion de lancement du projet (10 janvier 2024, en visio) & échantillonnages (10-29 février 2024 au Cambodge)

activité 02 – Identification et caractérisation morphologiques et moléculaires des parasites (mars 2024)

activité 03 – Mobilité de l’équipe de IRBÉ-ABS (1 personne) à l’IRD (mars 2024)

activité 04 – Analyses phylogénétiques, statistiques et des communautés de parasites (avril-juin 2024)

activité 05 – Mobilité de l’équipe de l’IRD (1 personne) à IRBÉ-ABS (mai 2024)

activité 06 – Dissémination des résultats scientifiques & Réunion de clôture du projet (août 2024, en visio)

• Combien de publications ont été prévues/éditées dans le cadre du projet de recherche ? (compter le nombre total cumulé depuis le début du projet d’articles scientifiques, d’actes de colloques, de communications et de publications dans des revues avec comité de lecture…)

Il est envisagé de publier un article dans une revue réputée ainsi que de présenter les résultats lors du Multicolloque européen de parasitologie à Wroclaw en août 2024.

Titre envisagé de la présentation : Georgieva, S., Bommarito, C., Gozlan, R. E., Combe, M. « Trematodes of the freshwaters of Cambodia : emerging patterns of diversity across a gradient of antropisation »

Titre envisagé de l’article : Georgieva, S., Bommarito, C., Gozlan, R. E., Combe, M. « Trematode diversity accross an antropisation gradient in biodiversity hotspots. »

Journal cible : Parasites & Vectors (IF₂₀₂₂=3.2 ; Q1).

Lors de la visite de recherche à l’IRD S. Georgieva fera une présentation à la communauté scientifique de l’IRD intitulé « Parasite biodiversity in changing environments : insights and challenges ».

• Combien de manifestations scientifiques ont été prévues/organisées dans le cadre du projet de recherche ? (compter le nombre total cumulé depuis le début du projet)

De côté de la participation au multicolloque européen de parasitologie, deux visites de recherche entre les institutions partenaires ont été prévues. Les visites comprennent des séminaires pour la communauté dans les instituts respectifs.

• Nombre de brevets ont été prévus/déposés dans le cadre du projet (compter le nombre total cumulé depuis le début du projet)

Ça n’est pas applicable au type de recherche prévu. Aucun brevet n’était prévu pour ce projet.

• Combien y a-t-il prévu/eu de participants à des manifestations dans le cadre du projet (congrès, conférences, séminaires, tables rondes, ateliers etc.) ? (compter le nombre total cumulé depuis le début du projet; femmes/hommes) »

L’équipe comprend un total de 4 chercheurs : une post-doctorante (C. BOMMARITO) IRD basée à l’UMR ISEM à Montpellier et recrutée dans le cadre des projets BCOMING et AFRICAM, deux jeunes chercheures (S. Georgieva et M. COMBE chargée de recherche IRD) et un Directeur de Recherche IRD (R.E. GOZLAN). Une aide technique (C. Lefebvre) IRD viendra ponctuellement en appui aux aspects logistiques du projet. Le ratio hommes-femmes est de 1 : 4 en faveur des membres féminins. Parmi eux, deux chercheures participeront au multicolloque en Pologne et effectueront les visites scientifiques respectives dans les institutions partenaires.