À travers son Institut de la Francophonie pour la Gouvernance Universitaire (IFGU) et en lien avec sa stratégie quadriennale 2017-2021, l’AUF place la qualité et la gouvernance au cœur de ses actions. Une meilleure gouvernance des universités, notamment dans les pays en développement, permet « de renouveler la pertinence, l’efficacité et l’efficience des établissements d’enseignement supérieur et d’accroître leur qualité ». Associée à l’amélioration de la qualité des formations, l’action de l’IFGU a pour but de renforcer la capacité des établissements universitaires à mieux répondre aux besoins des sociétés qu’ils desservent.