Le Centre Universitaire de Khenchela a été créé le 18 septembre 2001. Il a fonctionné au début avec deux Instituts (l’Institut des sciences juridiques et l’Institut de lettre et langues), pour ensuite se développer et s’ouvrir à de nouvelles filières.
Le 14 décembre 2011, le centre universitaire a été promu au rang d’université.