1961
À l’appel de l’Université de Montréal, les représentants de plusieurs universités où le français est l’une des langues principales d’enseignement se réunissaient du 8 au 13 septembre 1961 à Montréal. Cette conférence internationale avait pour objectif principal d’instituer un lien de coopération entre les universités de langue française sous la forme d’une association internationale, établie sur le modèle de celles existantes pour les universités anglophones et hispanophones.
C’est ainsi que fut fondée l’Association des universités entièrement ou partiellement de langue française (AUPELF) le 13 septembre 1961, marquée par l’adhésion de 40 universités.
1965
L’AUPELF ouvre son premier bureau régional à Paris. [Il accueillera plus tard le rectorat et les services centraux de l’AUF, tandis que le Bureau régional Europe de l’Ouest sera transféré en Belgique en 2002].
1967
Pour faciliter la réalisation des opérations de coopération entre les universités francophones, l’AUPELF crée le Fonds international de coopération universitaire (FICU) dans l’objectif d’attirer les financements nécessaires, tant des États et gouvernements que des entreprises privées. [Il vivra jusqu’en 2001, date de son intégration au nouveau Fonds commun de développement et de coopération universitaire].
1987
En septembre 1987, à Québec, au Sommet des chefs d’État et de gouvernement ayant en commun l’usage du français, est présenté un projet d’université des échanges connu sous le nom d’UREF. L’idée est de créer un ensemble de réseaux universitaires de langue française autour de la recherche et de la formation. L’AUPELF prend alors le nom d’AUPELF-UREF.
1989
Lors du Sommet de Dakar, l’AUPELF-UREF intègre la Francophonie institutionnelle en devenant l’opérateur direct du Sommet de la Francophonie pour l’enseignement supérieur et la recherche.
1998
Invoquant une meilleure visibilité de la Francophonie, l’appellation de l’institution est modifiée à la demande du Secrétaire général de la Francophonie, M. Boutros Boutros-Ghali. L’AUPELF-UREF devient alors l’AUF, l’Agence universitaire de la Francophonie.
1999
L’AUF engage une rationalisation de ses actions, qui se traduit par une réforme dans trois domaines : statutaire, administratif et scientifique.
2001
De nouveaux statuts sont adoptés en mai 2001 ; ils consacrent la nature mixte de l’AUF, à la fois association d’universités et agence spécialisée de la Francophonie en matière d’enseignement supérieur et de recherche.
2006
L’AUF met en place sa première programmation quadriennale (2006-2009) qui correspond aux objectifs et priorités inscrits dans le Cadre stratégique décennal de la Francophonie institutionnelle.
2010
Dans la cadre de sa 2e programmation quadriennale, l’AUF engage une réforme profonde de l’architecture de celle-ci ; elle modifie sa structure par programmes, remplacée par trois objectifs stratégiques, et adopte une démarche par projet.
2011
L’AUF célèbre son 50e anniversaire. De nombreuses manifestations sont organisées à travers le monde.
Au cours de ces cinquante années, l’AUF a multiplié par 20 son nombre d’adhérents. Cette croissance soutenue l’a conduit à s’implanter sur les cinq continents en déployant un réseau de dix bureaux régionaux, sept antennes, sept instituts de la Francophonie et 44 campus numériques francophones. Aux fins de définition de sa politique, elle a régulièrement réuni ses membres dans le cadre de ses quinze assemblées générales.
2012
L’AUF crée son 10e bureau régional en janvier 2012 à partir de la scission du Bureau Europe de l’Ouest et Maghreb. Le Bureau est installé à Rabat et représente l’AUF en Tunisie, en Algérie et au Maroc, auprès des établissements d’enseignement supérieur et de recherche de la région.
2013
La 16e assemblée générale de l’AUF marque l’année 2013. Organisée pour la première fois au-delà des frontières de la francophonie traditionnelle, cette 16e édition est organisés au Brésil. Plus de 600 représentants d’institutions d’enseignement supérieur, issus de 65 pays, sont réunis à São Paulo pour partager, échanger et débattre de l’avenir de la francophonie universitaire.
A l’occasion de cette assemblée les statuts de l’AUF sont actualisés. M. Abdelattif Miraoui est élu Président de l’AUF.
2014
La troisième programmation quadriennale de l’AUF est lancée. Elaborée sur le thème de l’université moteur du développement des sociétés, elle se structure selon 4 axe : la formation, la recherche, la gouvernance universitaire et le rayonnement international et la vie associative.
2017
La 17ème Assemblée générale de l’AUF est organisée à Marrakech (Maroc) du 10 au 12 mai 2017, en présence de 678 universitaires venus du monde entier. A cette occasion, Sorin Mihai Cîmpeanu, recteur de l’Université de Sciences agronomiques et de Médecine vétérinaire de Bucarest (Roumanie) est élu Président de l’AUF.
La nouvelle stratégie 2017-2021 de l’Agence visant la construction d’un « Nouvel Espace Universitaire Francophone » est adoptée par les participants à l’unanimité.
Les statuts de l’AUF sont modifiés avec notamment la création d’une nouvelle catégorie de membres « les membres observateurs » et d’une nouvelle instance « le Conseil d’orientation stratégique ».