Le Rectorat est dirigé par le Recteur, lequel est assisté par un Directoire. Le Directoire est composé de la direction générale de l’AUF et de l’ensemble des directeurs centraux, régionaux et des instituts, tel que défini par le Règlement d’administration générale de l’AUF Le Recteur assure la direction exécutive de l’AUF. Le mandat du recteur est de 4 ans et peut-être renouvelé une fois après appel à candidatures international et élections par le Conseil d‘administration.
Le poste de recteur de l’AUF est actuellement occupé par M. Slim Khalbous, élu en décembre 2019.